Không thể tải IRKernel trong sổ ghi chép Jupyter

Question

Tôi khá mới đối với diễn đàn, vì vậy tôi xin lỗi nếu câu hỏi này đã được trả lời. Tôi nhìn xung quanh, và mặc dù tôi thấy rằng một số có vấn đề tương tự, tôi không thể tìm thấy giải pháp cho vấn đề của tôi trên bất kỳ bài viết trước đó. Vì vậy, - ở đây đi ...

Tôi đang chạy Mac OS X 10.11.5, Jupyter máy tính xách tay phiên bản 4.2.1, R phiên bản 3.2.2

Tôi đã cài đặt kernel R cho Jupyter máy tính xách tay với lệnh sau đây -

conda install -c r r-irkernel 

Bây giờ, khi tôi khởi chạy sổ ghi chép Jupyter, tôi thấy 'R' xuất hiện như một trong các tùy chọn trong trình đơn thả xuống ở bên tay phải dưới 'sổ ghi chép'. Tuy nhiên, khi tôi cố gắng để tạo ra một máy tính xách tay R, các tai nạn hạt nhân và tôi nhận được lỗi sau trong terminal:

WARNING:root:kernel b42781ab-ebb1-45eb-8a54-d3801106fb94 restarted 
Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'pbdZMQ', details: 
    call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
    error: unable to load shared object '/Users/avislova/anaconda/lib/R/library/pbdZMQ/libs/pbdZMQ.so': 
    dlopen(/Users/avislova/anaconda/lib/R/library/pbdZMQ/libs/pbdZMQ.so,  6): Library not loaded: @rpath/libzmq.5.dylib 
    Referenced from: /Users/avislova/anaconda/lib/R/library/pbdZMQ/libs/pbdZMQ.so 
    Reason: image not found 
Execution halted 
[W 16:19:12.382 NotebookApp] KernelRestarter: restart failed 
[W 16:19:12.382 NotebookApp] Kernel b42781ab-ebb1-45eb-8a54-d3801106fb94 died, removing from map. 
ERROR:root:kernel b42781ab-ebb1-45eb-8a54-d3801106fb94 restarted failed! 
[W 16:19:12.390 NotebookApp] Kernel deleted before session 
[W 16:19:12.390 NotebookApp] 410 DELETE /api/sessions/2236e334-e33a-483b-87f3-31c461d4903b (::1) 1.32ms referer=http://localhost:8888/notebooks/Untitled5.ipynb?kernel_name=ir 

Bất kỳ ý tưởng nơi tôi có thể đi từ đây?

Cảm ơn bạn!

Answer 1

Tôi gặp vấn đề tương tự sau khi tôi cập nhật 'R' trên mac của mình.

Dưới bước giải quyết vấn đề của tôi

install.packages(c('pbdZMQ', 'repr', 'devtools')) 
devtools::install_github('IRkernel/IRdisplay') 
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel') 
IRkernel::installspec() 

Để biết thêm thông tin chi tiết tham khảo http://johnlaudun.org/20160521-irkernel-difficulties/

Answer 2

Tôi thường xuyên thấy mình cài đặt lại hệ thống; hơn nữa để @JeeZ, tôi luôn luôn chạy sau trong R ở phần cuối của 'R quá trình cài đặt' của tôi:

install.packages(c("knitr", "ggplot2","rpart.plot","devtools","ggvis","psych","dplyr","tidyr","rvest","magrittr","testthat","roxygen2"),dependencies=TRUE) 
#--> set Sweave to knitr 

install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay', 'pbdZMQ'), 
       repos = c('http://irkernel.github.io/', getOption('repos')), 
       type = 'source') 

IRkernel::installspec() 

Answer 3

Sau khi cài đặt DevTools trong R:

> install.packages("devtools") 

Hãy thử cài đặt sau từ github:

> library("devtools") 
> devtools::install_github("IRkernel/repr") 
> devtools::install_github("IRkernel/IRdisplay") 
> devtools::install_github("IRkernel/IRkernel") 

dòng cuối cùng được cài đặt pdbZMQ đối với tôi, mặc dù sử dụng install.packages ("pdbZMQ") báo cáo rằng không tồn tại bất kỳ phiên bản của RI cố gắng.

Chi tiết và khắc phục sự cố là available on github nơi tôi tìm thấy giải pháp này.