bộ nhớ phát hành vào R

Question

tôi sử dụng một số biến, nhưng khi nó được sử dụng, tôi không bao giờ cần đến nó một lần nữa, vì vậy tôi cần phải loại bỏ nó và giải phóng bộ nhớ, nhưng chức năng rm() dường như không giúp đỡ:

memory.size() 
30.69 
tmp=matrix(rnorm(6e5*20),6e5,20) 
memory.size() 
207.64 
rm(tmp) 
memory.size() 
207.64 

Điều đó có nghĩa là tôi loại bỏ tmp nhưng bộ nhớ không được giải phóng?

Answer 1

Tôi sử dụng gc() để giải phóng RAM giữa các thao tác. Dưới đây là ví dụ về cách tôi sử dụng nó trong một vòng lặp, nhưng xem here để có một cuộc thảo luận chi tiết hơn về gc() và here để biết thêm về quản lý bộ nhớ trong một phiên R.

# load library 
library(topicmodels) 

# get data 
data("AssociatedPress")) 

# set number of topics to start with 
k <- 20 

# set model options 
control_LDA_VEM <- 
list(estimate.alpha = TRUE, alpha = 50/k, estimate.beta = TRUE, 
verbose = 0, prefix = tempfile(), save = 0, keep = 0, 
seed = as.integer(100), nstart = 1, best = TRUE, 
var = list(iter.max = 10, tol = 10^-6), 
em = list(iter.max = 10, tol = 10^-4), 
initialize = "random") 


# create the sequence that stores the number of topics to 
# iterate over 
sequ <- seq(20, 300, by = 20) 

# basic loop to iterate over different topic numbers with gc 
# after each run to empty out RAM 
lda <- vector(mode='list', length = length(sequ)) 
for(k in sequ) { 
    lda[[k]] <- LDA(AssociatedPress[1:20,], k, method= "VEM", control = control_LDA_VEM) 
    gc() # here's where I put the garbage collection to free up memory before the next round of the loop 
} 

# convert list output to dataframe (suggestions for a simpler method are welcome!) 
best.model.logLik <- data.frame(logLik = as.matrix(lapply(lda[sequ], logLik)), ntopic = sequ) 

# plot 
with(best.model.logLik, plot(ntopic, logLik, type = 'l', xlab="Number of topics", ylab="Log likelihood")) 

# print ordered dataframe to see which number of topics has the highest log likelihood 
(best.model.logLik.sort <- best.model.logLik[order(-as.numeric(best.model.logLik$logLik)), ]) 
    logLik  ntopic 
2 -17904.12  40 
3 -18105.48  60 
1 -18181.84  20 
4 -18569.7  80 
5 -19736.94 100 
6 -21919.6 120 
7 -23785.08 140 
8 -24914.23 160 
9 -25493.76 180 
10 -25837.64 200 
11 -25964.23 220 
12 -26061.01 240 
13 -26117.92 260 
14 -26149.44 280 
15 -26168.91 300