R: Nhiệt độ/hình ảnh nào để có được âm mưu được sắp xếp theo hàng mà không có bất kỳ chương trình dendrogram nào?

Question

Gói nào phù hợp nhất với bản đồ nhiệt/hình ảnh chỉ phân loại trên hàng, nhưng không hiển thị bất kỳ chương trình dendrogram hoặc lộn xộn trực quan nào khác (chỉ lưới màu 2D có nhãn tự động trên cả hai trục). Tôi không cần phải tìm kiếm các nhóm ưa thích ngoài việc phân loại số cơ bản. Dữ liệu là một bảng số 39x10 trong phạm vi (0,0.21) mà tôi muốn hình dung.

Tôi đã tìm kiếm SO (xem this) và các trang web R và đã thử một số. Hãy xem R Graphical Manual để xem danh sách ảnh chụp màn hình có thể tìm kiếm được tuyệt vời và các gói tương ứng.

Phạm vi gói là khó hiểu - cái nào là bản đồ nhiệt ưa thích (như ggplot2 dành cho hầu hết các âm mưu khác)? Đây là những gì tôi phát hiện ra cho đến nay:

• base::image - xấu, không có nhãn tên trên trục, không sắp xếp/phân nhóm
• base::heatmap - tùy chọn là ít dễ hiểu hơn như sau:
• pheatmap::pheatmap - tuyệt vời nhưng có vẻ như không tắt được chương trình quảng cáo ? (Bất kỳ hacks?)
• ggplot2 people use geom_tile, as Andrie points out
• gplots::heatmap.2, ref - dường như được ưa chuộng bởi những người công nghệ sinh học, nhưng cách quá mức cần thiết cho các mục đích của tôi. (Không liên quan đến ggplot * hoặc Giáo sư Wickham)
• plotrix::color2D.matplot cũng tồn tại

base::heatmap là khó chịu, thậm chí với args heatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE) nó vẫn âm mưu dendrogram không mong muốn trên dòng.

Để bây giờ tôi đi với pheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE) và tự presorting bàn của tôi, giống như anh chàng này: Order of rows in heatmap?

Phụ Lục: hiển thị giá trị bên trong mỗi tế bào, xem: display a matrix, including the values, as a heatmap. Tôi không cần điều đó nhưng nó rất hay.

Answer 1

Với pheatmap bạn có thể sử dụng tùy chọn treeheight_row và treeheight_col và thiết lập các thành 0.

Answer 2

chỉ là một tùy chọn mà bạn đã không được đề cập ... gói bipartite vì nó cũng đơn giản như bạn nói

library(bipartite) 
mat<-matrix(c(1,2,3,1,2,3,1,2,3),byrow=TRUE,nrow=3) 
rownames(mat)<-c("a","b","c") 
colnames(mat)<-c("a","b","c") 
visweb(mat,type="nested")