GenomicFeatures Trouble Installation Package

Question

Xin lỗi vì đã quay lại sớm như vậy với một câu hỏi cài đặt đơn giản, nhưng không có khả năng tự giải quyết nó làm suy giảm nghiêm trọng năng suất của tôi. Dù sao, tôi đã thử cài đặt GenomicFeatures theo đề xuất của trang web BC.

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
> biocLite("GenomicFeatures") 

Tôi nhận được thông báo lỗi sau (ngoài một số thông điệp cảnh báo)

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’ 
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’ 

Vì vậy, một số vấn đề với các phụ thuộc tôi đoán, nhưng có vẻ như kỳ lạ rằng họ sẽ được tự động cài đặt trước khi GF . Tôi đang sử dụng phiên bản 2.15.0. Bất kỳ đầu mối nào về vấn đề có thể là gì? Tôi rất sẵn lòng cung cấp thêm thông tin khi cần. Cảm ơn.

Answer 1

Martin Morgan có một giải pháp mà tôi tin rằng hoạt động trong các nhận xét. Tôi sẽ giải thích thêm một chút.

Thông báo lỗi cho bạn biết rằng bạn cần cài đặt gói RCurl và XML. Cả hai gói này đều yêu cầu hệ thống của bạn có các gói phát triển nhất định. Dường như bạn đang chạy Linux. Nếu bạn đang sử dụng hệ thống dựa trên Debian (Debian, Ubuntu, Mint, ...) thì khi cài đặt RCurl bạn cần cài đặt libcurl4-openssl-dev và để cài đặt XML, bạn cần cài đặt libxml2-dev. Bạn có thể thực hiện điều này một cách tương đối dễ dàng trên dòng lệnh bằng cách nhập

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev 

Điều đó sẽ cài đặt các gói bắt buộc và bất kỳ phụ thuộc nào. Sau đó, bạn sẽ có thể cài đặt các gói RCurl và XML từ bên trong R.

install.packages("RCurl") 
install.packages("XML") 

Tại thời điểm này bạn có sự phụ thuộc yêu cầu và sẽ có thể cài đặt GenomicFeatures từ Bioconductor.

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("GenomicFeatures") 

Chỉ cần một lưu ý cho những người sử dụng Windows - nhận RCurl và XML không nhất thiết phải là dễ dàng, tuy nhiên, Tiến sĩ Brian Ripley cung cấp mã nhị phân cho những gói tại his website và bạn có thể tải chúng từ đó khá dễ dàng. Ban đầu khi tôi thấy có vấn đề với RCurl và XML, tôi nghĩ rằng nó phải là một người dùng cửa sổ cho đến khi tôi nhìn vào các lỗi thực tế và nhận ra đó là một người dùng Linux.