R tập lệnh từ dòng lệnh

Question

Tôi muốn chạy tập lệnh mẫu này: http://mazamascience.com/WorkingWithData/?p=912 từ dòng lệnh của Windows. Vì vậy, tôi đã mở dòng lệnh và nhập Rscript tryCatch.R 1. Tuy nhiên, tôi vẫn nhận được thông báo lỗi Error: R not found. Tôi đã đặt biến môi trường PATH là C:\Programme\R\R-3.0.1\bin. Nếu tôi chỉ cần nhập R.exe, nó sẽ bắt đầu R, nhưng nó không thể tìm thấy các gói sẽ được nạp lúc bắt đầu (ví dụ: package 'utils' in options<"defaultPackages"> was not found). Tôi đoán tôi phải thiết lập một đường dẫn đến các thư viện ở đâu đó, nhưng tôi không có ý tưởng nào để làm điều này.

CẬP NHẬT: Sau khi nhập rõ ràng PATH C:\Programme\R\R-3.0.1\bin (thay vì chỉ thêm giá trị này vào giá trị của biến môi trường PATH) có vẻ như là R được tìm thấy. Tuy nhiên, một vấn đề mới xảy ra: In normalizePath<path.expand(path), winslash, mustWork>: path[2] = "C:/Programme/R/R-3.0.1/library": Access denied, giống với thư viện methods. Sau đó: Calls: .First ... library -> .getRequiredPackages2 -> library -> normalizePath Execution stopped. Tôi đang sử dụng Windows 7 và tôi có quyền quản trị viên.

Answer 1

Tôi đã phát hiện ra rằng đó là một vấn đề ngôn ngữ cụ thể trên Windows 7, tương tự như những gì được mô tả ở đây: https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2011-May/276932.html

Sau khi thay đổi PATH-C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin sự script được thực hiện đúng từ dấu nhắc lệnh.

Nhờ tất cả những người đã cố giúp đỡ!

Answer 2

Rscript rất tiện dụng (R CMD BATCH là cách cũ) đặc biệt dưới cửa sổ, Nhưng thường theo tôi tạo một tệp lô để tránh tất cả các cơn đau đầu của đường dẫn.

Ví dụ nói launcher.bat:

@echo off 
C: 
PATH C:\Programme\R\R-3.0.1\bin;%path% 
cd PATH_TO_YOUR_RSCRIPT 
Rscript tryCatch.R 1 
pause 

Và mở một giao diện điều khiển (sử dụng cmd), đi đến nơi bạn đã lưu trữ launcher.bat của bạn và khởi động nó. Hoặc từ cosnole R sử dụng shell:

shell('path_to_launcher\launcher.bat') 

Answer 3

Tôi gặp sự cố này trong cửa sổ 7, khi thiết lập biến môi trường> biến người dùng đường dẫn không được thêm vào PATH, do đó người dùng phải thêm đường dẫn này vào biến hệ thống> PATH ở cuối đường dẫn đến tệp .EXE và voila của bạn.