2012-09-13 53 views
9

Tôi đang chạy vào một vấn đề khi xây dựng các gói sau: https://github.com/yoni/rbundlerrbundler build lỗi: "có thể tập tin không mở 'startup.Rs': Không có tập tin hoặc thư mục"

My test nỗ lực để chạy lệnh bundle rbundler về một gói tầm thường có một sự phụ thuộc duy nhất. Các thử nghiệm đi trên máy OSX của tôi, nhưng không thành công trên máy chủ x86_64-redhat-linux-gnu Jenkins của tôi. Cả hai máy đang chạy R 2.15.1 với devtools 0.7.1, bao gồm this bug fix.

Có thể tìm thấy đầu ra thử nghiệm đầy đủ trong this gist.

Dưới đây là một bản tóm tắt ngắn lỗi tôi nhìn thấy:

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : 
    cannot open the connection 
Calls: local ... eval.parent -> eval -> eval -> eval -> eval -> source -> file 
In addition: Warning message: 
In file(filename, "r", encoding = encoding) : 
    cannot open file 'startup.Rs': No such file or directory 
Execution halted 

Nền cho điều này là tôi đang cố gắng để xây dựng một hệ thống quản lý phụ thuộc cho R. Ý tưởng là một R dự án sẽ có thể chạy mà không cần sử dụng thư viện toàn hệ thống hoặc toàn bộ người dùng. Thay vào đó, dự án R sẽ có thư viện riêng của nó được cài đặt trong thư mục gốc của nó.

Đối với câu hỏi trước Stack Overflow tôi liên quan đến quản lý phụ thuộc vào R, xem Dependency management in R

Trả lời

5

Trong trường hợp của tôi vấn đề này là do các biến môi trường R_TESTS đã được thiết lập để startup.Rs

Khi bạn thực hiện một quá trình R từ bên trong các bài kiểm tra của bạn (trong trường hợp của tôi nó đã được gửi qua OGS qsub), sự hiện diện của biến môi trường này gây ra vấn đề.

+1

Để theo dõi, giải pháp sau đó là hủy đặt biến với 'Sys.setenv (" R_TESTS "=" ")' –

0

tôi không thể trả lời câu hỏi của bạn trực tiếp, nhưng hai điều bạn có thể thử lấy thêm thông tin về những gì đang xảy ra.

  1. sử dụng 'env' để đổ biến môi trường trên máy OSX của bạn và các máy chủ Jenkins
  2. chạy quá trình này thông qua strace trên Linux và dtruss trên OSX để bẫy hệ thống gọi

strace/dtruss nên tiết lộ những nơi mà nó đang tìm kiếm startup.Rs và env đầu ra có thể sẽ cung cấp cho bạn một biến môi trường khác nhau giữa hệ thống kế toán cho kết quả khác nhau.

+0

Cảm ơn các đề xuất gỡ lỗi. Ban đầu tôi đã cố gắng # 1 và chưa bao giờ thực sự tìm ra vấn đề. Chưa thử quá trình. – yoni

Các vấn đề liên quan